Akty Grodzkie Ziemskie z 1466 roku wspominają o proboszczu Mikołaju, co oznacza, że w Kobylanach był już wtedy kościół. Długosz w Księdze uposażeń nie opisuje tych Kobylan pomiędzy kościołami parafialnymi, ale dwa razy wspomina o Kobylanach. posiadających kościół parafialny, a raz o wsi Głojsce „w parafii Kobylany”, należącej do uposażenia kantora św. Floriana w Krakowie.
Tutaj duszpasterzował wspomniany wcześniej ks. Mikołaj z Jadownik. Jakie było uposażenie proboszcza w Kobylanach, niewiadomo. W każdym razie parafia nie wyróżniała się majątkiem, skoro Długosz zapomniał o niej lub świadomie ją pominął, opisując kościoły parafialne w diecezji krakowskiej. Z czasem jednak warunki materialne Mikołaja zapewne się poprawiły, świadczy o tym fakt, że posiadał zbiór ksiąg, oraz że stać go było aby dla niego książkę przepisano. W roku 1466 nazajutrz po św. Katarzynie ks. Stanisław z Wydzic, (par. Mikluszyce), kończy przepisywać dla niego Dekretały Grzegorza IX, dodając taki dopisek po łacinie: „Dzieło to ukończone zostało nazajutrz po św. Katarzynie w Kobylanach rękami Stanisława, kapłana z Wydzic, w roku pańskim 1466 dla Mikołaja podówczas plebana tamże, pochodzenia z Jadownik, w czasie zarazy i tegoż roku zawarto pokój między królem Polski Kazimierzem i mistrzem Ludwikiem, enerałem Prus”.
Kim był ów ksiądz Stanisław z Wydzic i co robił w Kobylanach? Najprostsze przypuszczenie, że był tutaj gościem lub wikarym. Z rozrastającej się z czasem biblioteczki plebana Mikołaja znamy: „Homilie na Ezechiela” „Homilie na Ewangelie” papieża Grzegorza, „O Dobru Najwyższym” Izydora z Sewilli, „Kazania” Piotra de Palude, „Postyllę” Wilhelma z Paryża, „Życie Chrystusa i Dekretały”. Jeżeli nawet nic ponad te księgi w zbiorze ks. Mikołaja nie znajdowało się, to i tak świadczy on dobrze o poziomie umysłowym szarego księdza parafialnego, zajmującego skromne stanowisko proboszcza w podgórskiej wiosce.
On, a wcześniej Jakub Bzicki, uczestniczyli w synodach kalwińskich w Pińczowie i Włodzisławiu. Trwały jednak spory między plebanami. Po zbezczeszczeniu kościoła ok. 1620 roku, zbór przeniesiono do dworu, a następnie wzniesiono kamienny zbór, tzw. murowaniec. W 1658 roku na Kobylany najechał Pieniążek, dokonując dewastacji w kościele. W Kobylanach działali kaznodzieje i pasterze kalwińscy, m.in. Paweł Ryzer i Paweł Petroselin. Blisko 160 lat trwał spór między dworem, a plebanami. Kalwinizm upadł dopiero po 1720 roku.
Obecny kościół został wybudowany w 1775 roku w miejsce starego. Fundatorką tego kościoła była Marianna Ponińska zd. Kalinowska. Budynek został orientowany, jednonawowy z prostokątnym prezbiterium zamkniętym trójbocznie i szerszą nawą. Od zachodu trójkondygnacyjna wieża na rzucie kwadratu, odbudowana w 1948r. W prezbiterium i nawie sklepienie żaglaste na gurtach, w zakrystii krzyżowo kolebkowe. Na zewnątrz elewacje są gładkie, zwieńczone profilowanym gzymsem. Bogate wyposażenie tego kościoła posiada cechy barokowe. W 1857r. świątynia została konsekrowana.
Podczas II wojny światowej na plebanii i w kościele ks. Stanisław Kołodziej dawał schronienie partyzantom, przechowywał i przemycał polskich oficerów przez potajemne górskie przejścia do Austrii i Czech, prowadził także Radio Podziemne i Koło Ministrantów. Rankiem 14 lutego 1941 został aresztowany i wywieziony z plebanii do więzienia w Jaśle, gdzie przebywał sześć tygodni, był przesłuchiwany i katowany. Następnie został przewieziony transportem z Krakowa 5 kwietnia 1941 do obozu Auschwitz-Birkenau. Tam więziono go kolejne 6 tygodni. Został zamordowany w Dachau.